Trong bối cảnh hơn 150.000 doanh nghiệp mới thành lập tại Việt Nam năm 2025 theo số liệu từ Bộ Kế hoạch và Đầu tư, việc quản lý chi phí khởi nghiệp trở thành yếu tố then chốt để tối ưu hóa thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Chi phí thành lập công ty – từ phí đăng ký kinh doanh, khảo sát thị trường đến tư vấn pháp lý – thường chiếm tỷ lệ lớn trong giai đoạn đầu, khiến nhiều chủ doanh nghiệp băn khoăn: Liệu những khoản này có được tính vào chi phí hợp lý, được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN? Câu trả lời là có, nhưng không khấu trừ ngay một lần mà phải phân bổ dần theo quy định pháp luật. Với Luật Thuế TNDN 2025 chính thức hiệu lực từ 01/10/2025, các quy định được siết chặt hơn về chứng từ và minh bạch, đồng thời mở rộng điều kiện khấu trừ cho một số chi phí liên quan. Bài viết này sẽ phân tích chi tiết dựa trên các văn bản pháp lý mới nhất, giúp doanh nghiệp mới tránh rủi ro bị loại chi phí và truy thu thuế.
1. Khái niệm chi phí hợp lý và chi phí thành lập công ty
Theo Điều 9 Luật Thuế TNDN 2025, chi phí hợp lý (hay chi phí được trừ) là những khoản chi thực tế phát sinh, có hóa đơn chứng từ hợp pháp, liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất kinh doanh (SXKD) của doanh nghiệp và không vượt mức quy định tại luật thuế. Những chi phí này được trừ khỏi doanh thu để tính thu nhập chịu thuế TNDN (thường 20%), giúp giảm số thuế phải nộp.
Chi phí thành lập công ty, hay còn gọi là chi phí trước hoạt động (pre-operating expenses), bao gồm các khoản phát sinh trong giai đoạn chuẩn bị thành lập doanh nghiệp, trước khi chính thức đi vào hoạt động. Chúng không phải là chi phí thường xuyên như lương nhân viên hay nguyên liệu sản xuất, mà mang tính một lần, nhằm xây dựng nền tảng pháp lý và tổ chức. Theo thống kê từ Tổng cục Thuế, khoảng 30% doanh nghiệp mới gặp vấn đề khi kê khai những chi phí này do thiếu hiểu biết, dẫn đến tăng thu nhập chịu thuế không đáng có.
Ví dụ phí công chứng giấy tờ (khoảng 5-10 triệu đồng), chi phí khảo sát thị trường (20-50 triệu), hoặc thuê luật sư tư vấn vốn điều lệ (10-30 triệu). Nếu không xử lý đúng, doanh nghiệp có thể bị loại khỏi chi phí được trừ, tăng gánh nặng thuế lên đến hàng trăm triệu đồng trong năm đầu.
2. Quy định pháp lý về khấu trừ chi phí thành lập từ 2025
Trước năm 2025, quy định chủ yếu dựa trên Thông tư 96/2015/TT-BTC (sửa đổi Thông tư 78/2014/TT-BTC) và Thông tư 45/2013/TT-BTC. Chi phí thành lập được coi là tài sản cố định vô hình, không khấu trừ ngay mà phân bổ dần vào chi phí SXKD trong thời gian tối đa 3 năm (theo khoản 3 Điều 3 Thông tư 45/2013).
Với Luật Thuế TNDN 2025 (hiệu lực 01/10/2025), các điều kiện khấu trừ được bổ sung rõ ràng hơn tại Khoản 1 Điều 9: Chi phí phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nếu từ 5 triệu đồng trở lên (đồng bộ với Luật Thuế GTGT 2024), và phải chứng minh tính hợp lý qua báo cáo quản trị nội bộ. Đặc biệt, Công văn 4221/CT-CS ngày 03/10/2025 của Cục Thuế TP.HCM hướng dẫn cụ thể về chi phí phát sinh trước thành lập: Chúng được phép trừ khi tính TNDN nếu phân bổ dần, nhưng phải có hóa đơn hợp pháp và liên quan đến hoạt động sau này.
Cụ thể:
- Điều kiện bắt buộc: Hóa đơn GTGT hoặc chứng từ tương đương; thanh toán không dùng tiền mặt cho khoản ≥5 triệu; ghi nhận trong sổ kế toán theo VAS (Chuẩn mực kế toán Việt Nam).
- Thay đổi mới: Từ 01/10/2025, nếu chi phí liên quan đến nghiên cứu phát triển (R&D) hoặc chuyển giao công nghệ, có thể khấu trừ nhanh hơn (lên đến 150% giá trị theo ưu đãi tại Điều 15 Luật Thuế TNDN 2025).
- Không được trừ: Các khoản phạt vi phạm hành chính, chi phí cá nhân không liên quan SXKD, hoặc thiếu chứng từ (theo Khoản 2 Điều 9 Luật 2025).
Doanh nghiệp nhỏ và vừa (SMEs) còn được ưu đãi miễn thuế TNDN 3 năm đầu theo Nghị quyết 68-NQ/TW 2025, giúp “bù đắp” phần nào chi phí thành lập không khấu trừ ngay.
3. Các loại chi phí thành lập cụ thể và cách xử lý
Theo Công văn 4221/CT-CS, chi phí thành lập được phân loại và xử lý như sau:
- Chi phí hành chính pháp lý: Phí đăng ký kinh doanh (1-2 triệu), công chứng, lệ phí môn bài (2-3 triệu). Xử lý: Phân bổ toàn bộ vào năm đầu nếu dưới 50 triệu; nếu lớn hơn, chia đều 3 năm.
- Chi phí khảo sát và nghiên cứu: Khảo sát thị trường, lập kế hoạch kinh doanh (20-100 triệu). Xử lý: Là tài sản vô hình, khấu hao tuyến tính trong 3 năm (ví dụ: 30 triệu/năm).
- Chi phí đào tạo và quảng cáo ban đầu: Đào tạo nhân viên, quảng cáo thử nghiệm (10-50 triệu). Xử lý: Phân bổ dần nếu chứng minh liên quan SXKD sau; không được trừ nếu chỉ mang tính cá nhân.
- Chi phí tư vấn và chuyển giao: Thuê luật sư, mua bằng sáng chế (10-200 triệu). Xử lý: Khấu hao theo thời hạn sử dụng hữu ích, tối đa 3 năm; ưu đãi 150% nếu là R&D.
- Chi phí khác: Thuê văn phòng tạm thời, mua thiết bị chuẩn bị (nếu chưa sử dụng). Xử lý: Chuyển thành TSCĐ nếu có thể khấu hao; nếu không, phân bổ như chi phí trước hoạt động.
Tất cả phải ghi nhận trong báo cáo tài chính năm đầu, với phần phân bổ hàng năm được trừ khi quyết toán TNDN. Nếu doanh nghiệp lỗ năm đầu, phần lỗ (bao gồm chi phí phân bổ) được chuyển lỗ sang các năm sau tối đa 5 năm.
Chi phí thành lập công ty được tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế TNDN, nhưng phải phân bổ dần trong tối đa 3 năm theo Luật Thuế TNDN 2025 và Công văn 4221/CT-CS. Điều này không chỉ giúp giảm gánh nặng thuế mà còn khuyến khích doanh nghiệp lập kế hoạch tài chính chặt chẽ từ đầu. Trong năm 2025 với hơn 150.000 doanh nghiệp mới, việc tuân thủ sẽ là lợi thế cạnh tranh, tránh rủi ro pháp lý và tập trung vào tăng trưởng.
Nếu bạn đang chuẩn bị thành lập công ty hoặc cần hỗ trợ phân bổ chi phí thành lập, hãy liên hệ với chúng tôi để được hỗ trợ.